Organami Konfederacji są:

1) Zgromadzenie Ogólne (najwyższy organ w Konfederacji, składający się z przedstawicieli wszystkich członków Konfederacji, podejmujący najważniejsze decyzje, np. rozwiązanie Konfederacji, zmiana statutu, uchwalanie programu Konfederacji),

2) Rada Główna (organ o charakterze nadzorczo-kontrolnym w Konfederacji, odpowiednik Rady Nadzorczej w spółce, w skład której wchodzą przedstawiciele członków Konfederacji wybrani przez Zgromadzenie Ogólne, obecnie 30 członków),

3) Rada Konsultacyjna (organ doradczy Prezydenta Konfederacji),

4) Zarząd (organ wykonawczy Konfederacji, składający się z Prezydenta i 14 Wiceprezydentów, powoływanych przez Radę Główną),

5) Prezydium Zarządu (organizuje prace zarządu i wykonuje czynności należące do bieżącego zakresu działania Zarządu między jego posiedzeniami),

6) Prezydent (organ kierujący bieżącą pracą Konfederacji, powoływany przez Radę Główną); Kadencja Rady Głównej i Zarządu ( w tym i Prezydenta) trwa 3 lata.